Gli alunni del 1° biennio del Ciclo di Specializzazione sono tenuti a frequentare in totale 10 annualità di 2 ore settimanali ciascuna, una delle quali di carattere seminariale (o 2 seminari di durata semestrale) sia del proprio indirizzo di studi che eventualmente di altri indirizzi. Gli alunni devono preparare una Esercitazione scritta nel primo anno e una parte del lavoro di tesi nel secondo anno.
In base all'indirizzo scelto e a seguito della revisione del piano di studi, approvato dal Consiglio di Facoltà (22/12/2003), i corsi obbligatori per ciascun indirizzo sono pari a 5 annualità di 2 ore settimanali, secondo il seguente piano:

Indirizzo di
TEOLOGIA FONDAMENTALE
- Teologia fondamentale (2 annualità)
- Storia della teologia (1 annualità)
- Teologia sistematica (1 annualità)
- Teologia biblica (1 annualità)

Indirizzo di
TEOLOGIA SISTEMATICA
- Teologia sistematica (2 annualità)
- Teologia fondamentale (1annualità)
- Storia della teologia (1 annualità)
- Teologia biblica (1 annualità)

Indirizzo di
STUDI BIBLICI
Con l'Anno Accademico 1989-1990 nell'ambito della «Sezione di Teologia Fondamentale e Sistematica» è stato attivato ad experimentum un «Indirizzo di studi biblici» per la cui frequenza è necessaria una conoscenza delle lingue bibliche equivalente a quella richiesta nel Ciclo Istituzionale della Facoltà.

I corsi obbligatori sono:v
- Teologia fondamentale (1 annualità) (o sistematica o storia della teologia)
- Teologia biblica AT (1 semestre)
- Teologia biblica NT (1 semestre)
- Corso superiore di Greco (1 semestre)
- Corso superiore di Ebraico (1 semestre)
- Istituzioni bibliche (1 semestre)
- Storiografia biblica (1 semestre)
- Giudaismo (1 semestre)
- Storia dell'ermeneutica biblica (1 semestre)

Indirizzo di
TEOLOGIA MORALE
- Teologia morale fondamentale (2 annualità)
- Teologia morale speciale (1 ann. + 1 semestre)
- Teologia fondamentale/Storia della teologia (1 annualità)
- Teologia biblica (1 semestre)

Indirizzo di
TEOLOGIA PASTORALE
- Teologia pastorale fondamentale (2 annualità)
- Teologia pastorale speciale (1 ann. + 1 semestre) )
- Teologia fondamentale/Storia della teologia (1 semestre)
- Sociologia religiosa o Psicologia della religione (1 semestre)
- Teologia della liturgia o Teologia spirituale (1 semestre)

Indirizzo di
SPIRITUALITÀ
- Teologia spirituale (2 annualità)
- Storia della spiritualità (1 ann. + 1 semestre)
- Teologia fondamentale/Storia della teologia (1 semestre)
- Teologia biblica (1 semestre)
- Corsi relativi all'indirizzo associato (1 semestre)
N.B.: Le rimanenti 4 annualità di 2 ore settimanali potranno essere scelte liberamente dagli alunni fra i corsi offerti dalla Facoltà nell'intero Ciclo di Specializzazione.
Il programma dei corsi obbligatori dei vari indirizzi sarà comunque sempre concordato da parte di tutti gli alunni ordinari all'atto dell'iscrizione con il Direttore del Ciclo di Specializzazione.